Wyżyna Krakowsko-Częstochowska oraz sąsiadująca z nią od wschodu Wyżyna Miechowska stanowią tą samą jednostkę hydrograficzną. Z obszaru tego promieniście spływają rzeki we wszystkich kierunkach. Występuje tu również dział wodny między dorzeczami Wisły i Odry, który wyznacza linia: wzgórza między Siewierzem, Myszkowem a Zawierciem, wzgórza między Kromołowem, a Bzowem, Celiny koło Karlina, Góra Żerkowska, Skarżyce, Rzędkowice, Mirów i Bobolice, Niegowa, Góry Gorzkowskie. W Zawierciu odległość między Wartą (dopływ Odry) a Czarną Przemszą (dopływ Wisły) w najwęższym miejscu wynosi zaledwie 400 m. Na terenie Wyżyny znajduje się kilka znaczących sztucznych zbiorników wodnych. Są to m.in.: zbiornik w Zaborzu, Jastrzębiu koło Poraja, pomiędzy Częstochową a Olsztynem, w Kostkowicach, Kroczycach, Przyłubsku, Siamoszycach, na Krępie koło Ogrodzieńca, w Pilicy i Przeczycach. Zbiorniki te oprócz zastosowań przemysłowych są również miejscem wypoczynku letniego mieszkańców okolicznych miejscowości.

Rzeka Warta
Najważniejszą rzeką Jury jest Warta będąca jednocześnie prawym dopływem Odry, o długości 808 km, i powierzchni dorzecza 53.709,7 km2. Rzeka ta bierze swój początek na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej z dwóch wywierzyskowych źródeł w Kromołowie (dzielnicy Zawiercia) na wysokości 384 m n.p.m. i płynie na północ w kierunku Częstochowy. Piaszczyste dno pokryte niewielką warstewką mułu i stosunkowo czysta woda charakteryzują odcinek od źródeł do stawu przy Hucie „Zawiercie”. Za Zawierciem szerokość doliny rzeki i zasięg i jej zalewowy ulegają poszerzeniu. Wody zalewowe pokrywają przyległe łąki, które na odcinku do Kręciwilka są stale podmokłe. Szerokość zalewu na tym odcinku wynosi około 50 do 200 m. Dno jest nadal piaszczyste, a na brzegach rozwija się bujna roślinność w tym m.in. olchy i wierzby. Przed Częstochową rzeka płynie równolegle do progu górnojurajskiego poprzez tzw. dolinę subsekwentną. Cechą charakterystyczną tego typu doliny jest płaskie dno o niewielkim spadzie pogłębiającym się wraz z biegiem doliny. W okolicach Częstochowy Warta zmienia kierunek biegu na wschodni. Zmienia się także charakter doliny przełomowy, z płaskim dnem o średniej szerokości 200 m. Obydwa brzegi Warty w tym miejscu są strome, można tu zaobserwować część trasy erozyjnej oraz dwie trasy akumulacyjne. Poniżej wzgórza Gąszczyk koryto rzeki zachowało swój naturalny, meandrujący przebieg. Dalej rzeka szeroko rozlewa się miejscami tworząc większe rozlewiska. W przełomie znajduje się kilka obfitych wywierzysk, z których warto wspomnieć o złożonym z kilku mniejszych źródeł w pobliżu dawnego folwarku w Mirowie pod wzgórzem Skałka oraz innym blisko wsi Jaskrów. Po pewnym czasie rzeka Warta opuszcza granice Jury, aby po zawróceniu na północ i później na zachód wrócić znów w jej granice w okolicach Wąsoszy Wielkiej. Od tego miejsca do samego Działoszyna rzeka płynie niezmienionym torem. Po minięciu tego miasteczka Warta po raz drugi przełomowo przeciska się przez otaczające go skały aby ostatecznie zawrócić na północny-wschód i północ oraz po raz trzeci przedrzeć się krótkim przełomem na rozległe równiny Wielkopolski. Przełomy te chronione są obecnie w utworzonym tu Załęczańskim Parku Krajobrazowym.

Rzeka Pilica
Rzeka Pilica ma swoje źródła także na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej (348 m n.p.m.). Ma ona 342 km długości a na całej długości zbiera wody z 9.244,2 km2. powierzchni kraju. Zachodnia część dorzecza Pilicy stanowi wododział z Wartą a część północna z Bzurą (poza terenem Wyżyny). Jako ciekawostkę warto podać, że w tej właśnie rzece żyje aż 463 gatunków glonów, z których dominują okrzemki i zielenice.

Czarna Przemsza
Rzeka ta od źródeł do miejsca połączenia się z Białą Przemszą posiada 63,8 km długości i powierzchnię dorzecza 1.045,5 km2. Jej źródła znajdują się w Bzowie za domem kultury skąd wypływa macierzysta rzeka, w Ogrodzieńcu pod figurką św. Jana Nepomucena w centrum miasteczka i pod Rokitnem Szlacheckim na leśnym dużym obszarze torfowym pomiędzy tą wsią oraz Łazami i Zawierciem. Rzeka ta niemal na całej długości ma czyste wody. Obok przepływającej Czarnej Przemszy znajdują się stawy po dawnej eksploatacji węgla brunatnego na tzw. kopalni "Elka" leżącej niedaleko wsi Kuźnica Znajduje się tam wśród lasów przysiółek Kądzielów, dawny młyn Zawadzkiego i kąpielisko. Na tym obszarze liczącym kilkadziesiąt kilometrów kwadratowych występuje wiele rzadkich roślin. Są tu m.in.: widłak, babimór, wroniec, paprocie - długosz królewski i pióropusznik ptasi, ostatnio coraz bardziej rzadkie. Ze zwierząt występują: zające, kuropatwy, sarny, dziki, sójki, dzięcioły, cietrzewie, pojawiają się również głuszce.